mmvt 1250000 125000000 298.0 1.0 nvt ~/tryp_ben_hidr_tutorial/ openmm HBonds True langevin 0.002 0.9 [2478, 2489, 2499, 2535, 2718, 2745, 2769, 2787, 2794, 2867, 2926] [3221, 3222, 3223, 3224, 3225, 3226, 3227, 3228, 3229] [2478, 2489, 2499, 2535, 2718, 2745, 2769, 2787, 2794, 2867, 2926] [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8] 0.05 0.1 tryp_ben.prmtop True False 0.15 0.1 0.2 tryp_ben.prmtop False False 0.25 0.2 0.3 tryp_ben.prmtop False False 0.35 0.3 0.4 tryp_ben.prmtop False False 0.45 0.4 0.6 tryp_ben.prmtop False False 0.7 0.6 0.8 tryp_ben.prmtop False False 0.9 0.8 1.0 tryp_ben.prmtop False False 1.1 1.0 1.2 tryp_ben.prmtop False False 1.3 1.2 1.4 tryp_ben.prmtop False False 1.5 1.4 1.6 tryp_ben.prmtop False False 1.7 1.6 1.8 tryp_ben.prmtop False False 1.9 1.8 tryp_ben.prmtop False True tryp_ben_receptor.pqr tryp_ben_ligand.pqr 0.5 1000000 6